La Administración de FONDESARROLLO es ejercida por la Asamblea General, la Junta Directiva y el Gerente.
- Asamblea General: La Asamblea General es el órgano máximo de administración de FONDESARROLLO
- Junta Directiva: La Junta Directiva es el órgano de administración permanente de FONDESARROLLO.
- El Gerente: Es el representante legal de FONDESARROLLO, principal ejecutor de las decisiones de la Asamblea General y de la Junta Directiva.
Sin prejuicio de la vigilancia e inspección que el estado ejerce sobre FONDESARROLLO, éste cuenta para su control social interno, así como para la revisión fiscal y contable, con un Comité de Control Social y un Revisor Fiscal.
- Revisoría Fiscal: El Fondo cuenta con un Revisor Fiscal y su respectivo suplente, elegidos por la Asamblea General.
- Comité de Control Social: Es el organismo que tiene a su cargo velar por el correcto funcionamiento y eficiente administración de FONDESARROLLO.
